Le FAFPA dispose d’organes de décision que sont :

  • Le Conseil d’Administration tripartite de douze (12) membres (pouvoir public, employeurs, travailleurs);
  • Le Comité de Sélection et d’Agrément Tripartite de douze (12) membres (pouvoir public, employeurs, travailleurs).

Les organes d’exécution du FAFPA sont :

  • La Direction Générale ;
  • Les Départements ;
  • Les Divisions ;
  • Les Antennes Régionales.